С 1993 по 1998 год проходила обучение в Ижевском государственном техническом университете на кафедре «Экономики, финансов и управления на предприятии», где получила специальность «экономист-менеджер».
С 2001 по 2004 год обучалась по специальности юриста в Удмуртском государственном университете на кафедре «Юриспруденции».
В 2015—2016 годах получила образование по бизнес-администрированию в INSEAD MBA.
С 1998 по 2003 год Екатерина Зиновьева работала в различных коммерческих банках, где занималась вопросами кредитования и финансово-экономического анализа.
С 2004 по 2018 год занимала различные должности в АО «Сбербанк России». Руководила подразделениями кредитования и проектного финансирования корпоративных клиентов, организации клиентской работы и продаж, развития региональной сети и сегментного менеджмента «Малый бизнес», «Крупный и средний бизнес» и «Крупнейший бизнес».
В 2014—2017 годах являлась директором проектов — заместителем начальника Управления развития крупного и среднего бизнеса Сбербанка.
С 2017 по 2018 год работала исполнительным директором Департамента клиентского менеджмента Сбербанк CIB ПАО «Сбербанк России», возглавляла подразделение организации и развития продаж крупнейшим клиентам.
С 2018 по 2019 год занимала должность заместителя министра экономики и финансов Московской области. Руководила блоками: доходы бюджета, налоговая политика, управление госдолгом — заимствования и эмиссия ценных бумаг, стратегия социально-экономического и территориального развития Московской области. Помимо этого отвечала за бюджетную политику региона в сфере развития промышленности, сельского хозяйства и предпринимательства, цифровой экономики и экономического роста.
С 2019 года Екатерина Зиновьева являлась первым заместителем министра экономики и финансов Московской области.
В 20 июля 2020 года возглавила Министерство инвестиций, промышленности и науки Московской области.
В сентябре 2021 года Московская область стала победителем Национальной премии в сфере инфраструктуры «РОСИНФРА» в двух номинациях — «Лучший проект ГЧП в сфере городского развития» и «Лучший проект ГЧП в сфере жилищно-коммунального хозяйства» за заключённые в 2020 году ГЧП-проекты в Солнечногорском районе и городском округе Орехово-Зуево. Награды в рамках «Российской недели ГЧП» были вручены Екатерине Зиновьевой.
7 февраля 2022 года Екатерина Зиновьева была назначена заместителем председателя Правительства Московской области. В марте 2022 года инвестиционный блок представил новый пакет региональных мер поддержки с более широким охватом предпринимателей.