Исследования культурного слоя крепости являются частью второго этапа российско-эстонского проекта «Развитие уникального приграничного ансамбля крепостей Нарвы и Ивангорода как единого культурного и туристического объекта».

В течение трех лет специалисты Института истории материальной культуры Российской академии наук исследуют участок площадью более полутора тысяч квадратных метров. Наибольший интерес представляют раскопки в самой древней части Ивангородской крепости, датируемой концом XV века.

В 2004 году здесь была выявлена полуциркульная конструкция, являвшаяся частью защитного приворотного комплекса конца XV века, не имеющего аналогов в русском крепостном зодчестве.

Археологические раскопки и наблюдения будут осуществлены в три этапа и продлятся до 2023 года. 
Проект также предполагает реставрацию Большого амбара.

В 2023 году здесь разместится музейная экспозиция, посвященная истории Ивангорода. Часть экспонатов, которые войдут в новую музейную экспозицию, была обнаружена в ходе предварительных исследований культурного слоя в начале этого года. Археологами были обнаружены  833 артефакта — строительные материалы XIX-XX веков, керамика средневековая и Нового времени, печные изразцы и многое другое. 130 предметов отобраны для последующей передачи в музейный фонд Российской Федерации. 

Проект «Развитие уникального приграничного ансамбля крепостей Нарвы и Ивангорода как единого культурного и туристического объекта», 2 этап реализуется в рамках Программы приграничного сотрудничества «Россия-Эстония» на период 2014-2020 годов. Программа направлена на развитие приграничного сотрудничества между Российской Федерацией и Эстонской Республикой в целях содействия социально-экономическому развитию в регионах по обе стороны общих границ.