Самой острой проблемой Летнего сада специалисты считают проблему сохранности зеленых насаждений. По данным главы Русского музея Владимира Гусева, из 1826 деревьев в хорошем состоянии только 5. Порядка 1300 деревьев ослаблены. Примерно 10-12% деревьев обречено на снос. «Большинство деревьев в Летнем саду перешагнули срок, отпущенный им природой», - считает разработчик проекта Николай Иванов (ОАО «Санкт-Петербургский институт «Ленстройреставрация»).

«Больны не просто деревья или куски почвы, к сожалению, больна вся экологическая система Летнего сада», - уточнила на заседании Совета по культурному наследию председатель КГИОП Вера Дементьева, отметив, что члены совета не имеют единой точки зрения на решение проблемы деревьев. По ее словам, реставрацию сада можно «поставить в ряд великих проектов», поскольку памятников такого масштаба в целом по России единицы. К тому же реставрация чрезвычайно сложна в силу неустойчивости, нестабильности ландшафтных форм. «Нашему поколению не повезло, мы живем в пору умирания Летнего сада. Таким как сейчас мы его больше никогда не увидим», - сказала В.Дементьева. Надеяться на благодарность потомков, по ее словам, разработчикам проекта тоже не стоит, так как уже сейчас очевидно, что проект «не будет безоблачным», и уверенности в том, что он окажется удачным, у главы КГИОП тоже нет. В качестве примера она продемонстрировала слайды с вековыми деревьями, вымирающими по причине новых подсадок в аллею – старые деревья не вынесли конкуренции с молодыми саженцами.

Однако, по словам директора проекта Н.Иванова, вырубок аллей в ходе реставрационных работ до 2011 г. не планируется. «Тотальная реконструкция станет необходимостью, когда процент утрат будет превалировать. Тогда только станет возможной посадка целых аллей», - считает он. По словам Н.Иванова, работы по вертикальному планированию начнутся уже в 2008 г. При этом «все старые деревья будут лечиться» от ослабленности из-за нехватки света – при помощи прореживания крон. Точечная (вне зоны аллей) вырубка будет сопровождаться новыми замещающими посадками.

В то же время рецензент проекта, разрабатываемого на базе «Ленстройреставрации», Иван Курбатов смог увидеть положительные моменты в реконструкции зеленых насаждений. По его мнению, изобилие боскетов (декоративно подстриженного кустарника) позволит разглядеть в Летнем саду «геометрическую структуру, присущую ему от рождения».

Боскеты из кустовой липы, согласно плану реконструкции, предполагается разместить вокруг Менажерийного пруда, устроить с их помощью Французский партер, Крестовое гульбище и Птичий двор с голубятнями. Кроме того, две аллеи, названные зелеными кабинетами будут отходить по диагонали от фронтона Кофейного домика. Примерно в центре Летнего сада планируется возродить еще одно зеленое сооружение петровских времен – лабиринт. Лабиринт и зеленый фон для скульптур Летнего сада на местах вырубленных деревьев планируется создать при помощи шпалер с вьющимися растениями различной высоты.

С идеей возрождения геометрических форм Летнего сада согласны далеко не все члены Совета по культурному наследию. Для того чтобы сделать обсуждение ландшафтных разработок наглядным, проектировщики обязались изготовить компьютерную 3 D -модель сада. Предполагается, что ознакомиться с моделью смогут не только специалисты, но и общественность.