Георгий Носков, руководитель лаборатории экологии и охраны птиц НИИ биологии СПбГУ, считает, что создание нового зоопарка вблизи Юнтоловского заказника опасно для коллекции зоопарка, которая может заразиться инфекционными заболеваниями от останавливающихся в период перелета в заказнике птиц.

По мнению Носкова и его коллег, Юнтоловский заказник следует сохранить в своем неприкосновенном состоянии, в первую очередь оберегая его гидрографию. Это мнение разделяется специалистами географического факультета СПбГУ и кафедры гидрологии и инженерной геологии Санкт-Петербургского технического университета, которые отмечают, что болота являются положительными регуляторами климата.

По мнению специалистов географического факультета СПбГУ, создание транспортной развязки Западного скоростного диаметра в районе заказника затрагивает пойму р. Черной в месте ее впадения в Лахтинское болото грозит площадным загрязнением заказника и гибелью ее уникального биоценоза. Географы обращают внимание на отсутствие схемы расположения водопропускных труб на участке трассы ЗСД. Они также считают принципиально неверным мнение разработчиков о том, что расчистка речных русл от поверхностной водной растительности улучшает режим рек: в частности, не учитывается тот факт, что эта растительность выполняет роль сорбента в отношении твердого стока и растворимых солей тяжелых металлов.

Сотрудники географического факультета СПбГУ предлагают осуществить квалифицированный анализ гидрогеологических условий территории заказника, оценить потенциальные изменения почвенно-грунтового стока в сторону заказника при проведении мелиоративных работ в районе трассы ЗСД, выяснить роль подземных вод в питании Лахтинского болота, а также рассчитать водный баланс водосборного бассейна озера Лахтинский Разлив в существующих условиях и при строительстве трассы. Географы считают целесообразным проведение трассы ЗСД вдоль северной границы Юнтоловского заказника по эстакаде, сместив ось трассы в сторону поселка Каменка. Авторы напоминают, что прибрежная зона Финского залива включена в международную сеть прибрежных охраняемых территорий.