На средства, полученные из федерального бюджета, Северо-Западное бассейновое управление осуществляет работы по очистке водных бассейнов региона.
Так, в 2007 г. силами СЗБУ была произведена очистка дна и дноуглубление Шкиперского протока и Галерной гавани Васильевского острова. Одновременно СЗБУ занималось очисткой системы естественного водоснабжения прудов Константиновского дворца: завершена очистка и углубление Орловского пруда – который, по словам главы СЗБУ Григория Слабикова, не чистили 150 лет, начата очистка реки Кикенка на протяжении 8 км вверх от Стрельны.
В 2007 г. начались также работы по очистке Охтинского водохранилища, состояние которого имеет серьезное экологическое значение в связи с близостью жилых кварталов (Рыбацкая, Медвежий Стан, Беляевка, Ржевка). Работы производятся совместно с комитетами по охране природных ресурсов правительств Санкт-Петербурга и Ленобласти.
В 2008 г. на работы по очистке водоемов Санкт-Петербурга выделено 59,5 млн. рублей (в 5 раз больше, чем в 2007 г.). В общей сложности Бассейновому управлению предстоит за год освоить 162 млн. рублей на очистку водоемов (в 2007 г. - 60 млн.), рассказал Слабиков.
Кроме того, Бассейновое управление отслеживает пути загрязнения бассейнов региона. В 2007 г совместно с ГУП «Водоканал» управление осуществляло динамический мониторинг загрязнения воды в Неве в соответствии с соглашением между предприятием и управлением. СЗБУ также осуществляет рейды по проверке водопользования совместно с Росприроднадзором. Как правило, проверки осуществляются по факту загрязнения. Слабиков выразил сожаление в связи с тем, что в настоящее время в функции управления не входит контроль над измерительными средствами забора и сброса воды, применяемых водопользователями.
Представители СЗБУ принимают участие в международных мероприятиях по мониторингу чистоты Балтийского бассейна в рамках Хельсинской конвенции. По словам Михаила Иванцова, в России чистота воды отслеживается по большему количеству химических параметров, чем в Европе.